Os problemas clínicos como feocromocitoma e alterações dos hormônios tireoideanos, por exemplo, devem sempre ser descartados porque a manifestação clínica dessas doenças é semelhante ao transtorno de pânico. Os demais transtornos de ansiedade também podem confundir o diagnóstico da ansiedade generalizada.A sistemática eliminação de sintomas serve como procedimento para eliminar transtornos de ansiedade que se parecem com a ansiedade generalizada. A eliminação de crises de ansiedade descarta o transtorno do pânico. A eliminação do comportamento de evitação por lugares específicos descarta a agorafobia; a evitação por submeter-se a avaliação dos outros revela a fobia social; o medo de objetos como sangue ou animais revela a fobia específica; a recorrência de pensamentos revela o transtorno obsessivo-compulsivo e a ausência de acontecimentos traumáticos descarta o estresse pós-traumático.
Na verdade a quantidade de transtornos psiquiátricos ou clínicos é numeroso. Portanto o psiquiatra deve estar sempre atento a sinais ou sintomas que surgem. Há sempre a possibilidade de se tratar de uma outra doença que provoca os sintomas semelhantes a ansiedade generalizada. Geralmente os outros problemas médicos apresentam sintomas inexistentes na ansiedade generalizada, o que deve motivar uma investigação mais detalhada com auxílio de exames de laboratório.